Ang prinsipyo ng proseso ng MBBR ay upang madagdagan ang biomass at species sa reaktor sa pamamagitan ng pagdaragdag ng isang tiyak na halaga ng suspension carrier sa reaktor, upang mapabuti ang kahusayan ng paggamot ng reaktor. Dahil ang densidad ng tagapuno ay malapit sa tubig, ganap itong nahahalo sa tubig sa panahon ng aeration, at ang kapaligiran para sa paglaki ng microbial ay gas, likido at solid. Ang pagbangga at paggugupit na epekto ng carrier sa tubig ay ginagawang mas pinong mga bula ng hangin at pinapataas ang rate ng paggamit ng oxygen. Bilang karagdagan, ang bawat carrier ay may iba't ibang biological species sa loob at labas, ang ilang anaerobic bacteria o facultative bacteria ay lumalaki sa loob, at ang labas ay magandang trophic bacteria, upang ang bawat carrier ay isang miniature reactor, upang ang nitrification reaction at denitrification reaction ay umiiral sa parehong oras, upang mapabuti ang epekto ng paggamot.
